Instruktioner för att sända mtDNA bidrag till GenBank

– för användare av Microsoft Windows

Om du vill skicka din mtFullSequence till GenBank kan du använda det här JavaScript -programmet för att skapa din egen fil.

OBS: DU MÅSTE HA TESTAT “mtFullSequence” OCH VAR KUND HOS FTDNA.

Du kan inte lämna in bara HVR1 och HVR2 (mtDNA eller mtDNA plus) resultat!

Och med det här programmet kan du bara göra ett inlägg för dig själv.
(Om du vill göra en inlämning av mtFullSequence -resultaten för en annan person – föreslår jag att du förbereder insändningsfilen och sedan ber personen som äger DNA t att sända in det samt bekräfta meddelandena som kommer.)

För att utföra detta krävs viss datorkunskap – men om du tar det långsamt och noggrant är det inte så svårt att göra en inlämningsfil.

För att fortsätta …

  1. Förbereda FASTA -filen. 

  1. På din mtDNA – Results sida hittar du FASTA -filhämtningsknappen. Följ sökvägen: myFTDNA > mtDNA > Results > längst ned finner du en knapp ”FASTA”
       
  2. Klicka på nedladdningsknappen och SPARA din FASTA -fil på din dator.Se till att du vet i vilken katalog du har sparat filen.   
     
  3. Använd Windows Explorer och visa katalogen och hitta xxxxxx.FASTA.fasta -filen (där xxxxxx är ditt kitnummer).
       
  4. Och byt namn på din xxxxxx.FASTA.fasta -fil till xxxxxx.TXT, genom att högerklicka på filnamnet och använda BYT NAMN (RENAME).        
     
    (Till frågan, Är du säker på att du vill ändra den? Svara JA) 
        
  5. Vänsterklicka på xxxxxx.TXT -filnamnet och filen ska öppnas i NOTEPAD eller WORDPAD. 
     
    (På Mac OS X eller senare använder man lämpligen ”textredigeraren” (text editor) och spar som rent text format. VIKTIGT! Inte som det förvalda RTF formatet.)
     
    (Jag föredrar NOTEPAD som även går under namnet ANTECKNINGAR. För den spar redan från början i ren text format till skillnad från WORDPAD som man måste ställa om till .txt.
    (VIKTIGT! WORDPAD spar som förvalt RTF, DOC eller WRI formatet (beroende på version). Man skall då alltså ändra det före sparandet till “rent text format”. .txt ))    
     
  6. Minimera detta NOTEPAD -fönstret eftersom du behöver det senare.
  1. Ange de 5 andra fälten som behövs för programmet.

http://www.ianlogan.co.uk/checker/submission_maker.htm

Genomgående skall man endast använda tecknen a-z, A-Z, 0-9 samt godkända specialtecken : – ! och * .

åäö ÅÄÖ är inte godkända tecken.    

  1. DATUM (… today’s date): I formuläret ovan ändras datumet till “dagens datum”.    
     
  2. FILNAMN (… submission filename …): I nästa ruta anger du ditt efternamn – vilket namn som helst kan användas, föreslår jag att du använder ditt kitnummer-efternamn.        
     
    (Obs! Ditt efternamn eller kitnummer kommer INTE att visas på den slutliga GenBank -sidan.)    
     
  3. URSPRUNG (… ethnicity …): Ange ditt val här. Kan jag föreslå att detta hålls enkelt och försäkra dig om stavningen.          
     
    Lämpliga exempel kan vara: English / Swedish / Finnish / Saami / Jewish / Askenazi Jew / Native American (lämpligt att använda äldsta maternala anan om man är osäker).        
     
    European / American / African / Caucasian / Asiatic är inte till stor hjälp och ofta är det lämpligt att lämna denna post blank om man är osäker.    
     
  4. PLATS (… location …): Ange ditt val här. Återigen, håll det enkelt och ta hand om stavningen (lämpligt att använda äldsta maternala anan om man är osäker).        
     
    Försök vara till hjälp och använd formatet “Land: Stad” alternativt ”Land: Län”. Om det är tveksamt, lämna det tomt.    
     
  5. HAPLOGROUP: Ange haplogruppen här. Använd uppgiften som anges av FTDNA, eller från www.phylotree.org, om du föredrar det.   

3. Överföring av FASTA -filen.    

  1. Visa din xxxxxx.TXT -fil och vänsterklicka i fönstret för att visa markören.
     
  2.   Använd CTRL-A för att markera innehållet i filen, följt av CTRL-C för att kopiera innehållet.    
     
  3. Återigen minimera NOTEPAD -fönstret och visa tilldelningsfältet för FASTA informationen en gång till.    
     
  4. Flytta markören till FASTA fältet (näst längst ned) och vänsterklicka för att komma in i markören och använd CTRL-V för att klistra in din FASTA -fil information i rutan.         
     
    På detta stadium ska FASTA -fältet innehålla en kopia av FASTA -filen. 
     
     Notera: i exemplet här nedan är ditt kitnummer utbytt mot 777777.
     
    Med den första raden börjar ‘>777777, HVR2, CR, HVR1’ och avslutas med något liknande ‘CATCACGATG’.          
     
    VIKTIGT!
    Var försiktig så att du inte förstör innehållet i den här rutan!   

4. Körandet av JavaScript -programmet.    

  1. Det är nu dags att genomföra program körningen, så tryck på SUBMIT.          
    Och … texten i inlämningsfilen ska visas i den nedre rutan.       
     
    Se på utmatningsfältet (… submission file) (längst ned), och
     
    VIKTIGT! var försiktig så att du inte förstör innehållet i den här rutan!        Om du har några problem, tryck på CLEAR BOXES och upprepa proceduren.

Formuläret bör se ut liknade detta exempel (i detta fall är kitnummer utbytt till 777777):

D-I-Y Submisson form to GenBank builder
D-I-Y Submisson form to GenBank builder

 

5. Överföring av utmatningsfältet (… submission file).    

  1. Observera att inlämningsfilen börjar med
    Seq-submit :: = { och slutar med ‘H}}}}    
     
  2. Flytta sedan markören till utmatningsfältet (… submission file) och vänsterklicka för att komma in i markören.    
     
  3. Och använd CTRL-A och CTRL-C för att fånga in hela texten i utmatningsfältet (… submission file).    
     
  4. Öppna nu ett nytt NOTEPAD -fönster genom att använda START > ALLA PROGRAM > TILLBEHÖR > ANTECKNINGAR eller sök efter programmet NOTEPAD    
     
  5. Flytta markören till det nya NOTEPAD -fönstret, vänsterklicka för att komma in i markören och använd CTRL-V för att klistra in din inlämningsfil i rutan.    
     
  6. Kontrollera åter en gång till att inlämningsfilen börjar med
    Seq-submit :: = { och slutar med ‘H}}}}    
     
  7. Använd nu ARKIV > SPARA som … för att spara inlämningsfilen med samma filnamn som du använde vid 2b, men!
     
    VIKTIGT! Man skall då alltså spara filen i “rent text format” (.txt) men med annan filändelse .sqn.
      
    VIKTIGT! använd filtypen .sqn       
    Till exempel: Om filnamnet är      
    xxxxxx-efternamn.sqn       
     
    VIKTIGT! Spara filen i enbart SMÅ bokstäver som   
    xxxxxx-efternamn.sqn        
     
    Återigen se till vilken katalog du använder.   
     
    Om någon fråga kommer  om du verkligen vill spara detta som en .txt fil bekräfta att du vill det. Kan förekomma speciellt om du inte använder NOTEPAD. 
      
  8. Öppna nu katalogen och kontrollera att du kan hitta filen.      

    Om filnamnet visas som xxxxxx-efternamn.sqn.txt använd BYT NAMN (RENAME) för att ändra det till xxxxxx-efternamn.sqn

6. E-posta GenBank.    

  1. Skapa ett nytt email till:
    gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov    
     
  2. Ange ett ämne, till exempel ” GenBank Submission – xxxxxx-efternamn.sqn ”    
     
  3. Bifoga din xxxxxx-efternamn.sqn -fil med hjälp av “Infoga” och “Fil som bilaga …” (eller vad som är lämpligt på ditt e-postprogram).    
     
  4. Skriv i e-postens medelande fält något som:    
            
     
    Susan Schafer 
     
    I attach my submission file for GenBank, named ‘xxxxxx-efternamn.sqn’. 
     
    It is for my mitochondrial DNA sequence and the sequence has not been published in any other database.  
     
    My FTDNA Kit number is ‘xxxxxx’, and I accept it will appear on my GenBank page.
     
     
    Thank you
    (Och ditt fullständiga namn)
     
  5. Observera att ditt efternamn eller kitnummer inte kommer att visas på GenBank -sidan.     
     
  6. Slutligen: När du är helt nöjd, skicka e-postmeddelandet.

7. Processen efteråt.    

  1. Efter att ha skickat ditt mail får du flera e-postmeddelanden från GenBank.    
     
  2. Ett kvitto om att ditt bidrag mottagits skickas nästan omedelbart. 
     
    Meddelandet kan se ut som nedan:
    GenBank D-I-Y Submisson svar1
  3. Ett par dagar senare kommer ett mail som ber dig att bekräfta att sekvensen är din och eventuellt några andra frågor. 
     
    Meddelandet kan se ut som nedan:
    GenBank D-I-Y Submisson svar2-1
    Svara på det här e-postmeddelandet och säg att du vill fortsätta.  
     
    Svarsmeddelandet kan se ut enligt nedan:
    GenBank D-I-Y Submisson svar2-2
    (skriv under med ditt fullständiga namn)
     
  4. Ett e-postmeddelande som ger ditt anslutningsnummer (Accession number).    
     
    Meddelandet kan se ut som nedan:
    GenBank D-I-Y Submisson svar3 
  5. Slutligen några dagar senare, kommer ett e-postmeddelande som innehåller en “platt fil” – som är ett “bevis” kopia av din sida – och din publikationsdata. 
     
    Meddelandet kan se ut som nedan:
     
    GenBank D-I-Y Submisson svar4-1
    GenBank D-I-Y Submisson svar4-2
    Gör en slutlig kontroll av den “platta filen” för att se att den innehåller rätt information. 
    Kontrollera att rätt Accession nummer finns angivet. Kontrollera även att rätt information står i de här röda inramade rutorna enligt vad du fyllde i insändningsformuläret. Detta med tanke på haplogrupp, ursprung (etnicitet) och plats (location). Kontrollera även att datumet när du sände in bidraget stämmer. Sedan är det ju trevligt om det står Homo sapiens i fältet för organism.

8. Offentliggörande.    

  1. På publiceringsdatumet bör din sekvens synas på GenBank genom att ange ditt anslutningsnummer (Accession number). 
     
  2. Det kommer emellertid att ta 2-4 dagar innan sekvensen är indexerad och kan hittas.       
     
    Genom att använda en söksträng, till exempel: “Homo sapiens” [ORGANISM] “complete genome” mitochondrion   
     
  3. För att söka på sitt resultat så kan man efter några dager efter klardagen (Release date) söka efter ditt accession nummer på först denna sida under den grund haplogrupp som du har fått tidigare hos FTDNA. Då kan du finna dig eventuellt placerad under någon ny gruppering. Sökning efter ditt accession nummer på webb sida gör du enklast på en widows maskin med att i Internet Explorer (IE) göra tangent bords kommandot Ctrl + F för att få fram sökrutan högst upp där du skriver in numret.:
    http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/haplogroup_select.htm
     
    Sedan huvud trädet som du eventuellt kan dyka upp i som en referens om du är en av dem som skapar en ny kvist på mtDNA haploträdet så finner du dit accession nummer under grund grenen som du hade förut men på en eventuell ny gren här. Notera att detta träd inte uppdateras så väldigt ofta. Sökning efter ditt accession nummer på webb sida gör du enklast på en widows maskin med att i Internet Explorer (IE) göra tangent bords kommandot Ctrl + F för att få fram sökrutan högst upp där du skriver in numret.:
    http://phylotree.org/
     
    Högst upp på denna sida kan man sedan söka på sitt accession nummer och får då fram ditt insända resultat. Det är likt det som du fått i den flata filen i den sista e-posten före Releasen av ditt bidrag.:
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/
     
    Sedan kan du googla efter ditt accession nummer även på internet för att se om dit bidrag har varit föremål och ingått i något annat forskningsprojekt. De som nyttjar GenBank är tvungna att publicera vilka accession nummer som ingått i deras forskning. Men det kan ta flera år innan man ingår i något projekt om änns någonsin. Men med dagens utveckling i forskning på DNA så ökar chansen mycket med tiden.

9. Revidera GenBank -sida      

Man hoppas att en GenBank -sida aldrig behöver revideras, men det finns flera anledningar till varför det kan behövas.       

Revisionen bör dock inte genomföras för att ändra haplogruppen igen när nya undergrupper definieras.       

Men om det finns ett uppenbart fel på GenBank -sidan, eller om FTDNA ändrar resultatet, kan en revision att vara korrekt att göra.

Så om en revision är nödvändig kommer de nödvändiga stegen att vara: –    

  1. Följ stegen ovan, korrigera felet och skapa en ny inlämningsfil med filnamnet, till exempel: xxxxxx-efternamn2.sqn    
     
  2. Skapa ett nytt email till:
    gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov    
     
  3. Ange ett ämne, till exempel ” Revision of my GenBank Submission – Accession Number XXnnnnnn ”    
     
  4. Bifoga din xxxxxx-efternamn2.sqn -fil med hjälp av “Infoga” och “Fil som bilaga …” (eller vad som är lämpligt på ditt e-postprogram).    
     
  5. Skriv i e-postens kropp något som:        
     
    Susan Schafer  
     
    I am sorry for the inconvenience but my earlier submission for my GenBank entry with Accession Number XXnnnnnn needs to be revised.
     
     
    I attach a corrected submission file, named ‘xxxxxxx-efternamn2.sqn’. 
     
    This is required as the earlier submission had an error (specify, eg. FTDNA has amended the sequencing).  
     
    The submission file is for my mitochondrial DNA sequence and the sequence has not been published in any other database.
      
     
    Thank you

    (Och ditt fullständiga namn)
     
  6. Och skicka e-postmeddelandet.

Här finner du programmet som behandlas i denna instruktion: http://www.ianlogan.co.uk/checker/submission_maker.htm

 

En hemsida om mig och mina intressen. Bland annat släktforskning och körsång.